Bộ giáo luật Canon điều 401 quy định các Giám Mục, Tổng Giám Mục giáo phận buộc phải nộp đơn từ chức lên Đức Giáo Hoàng khi đã đến 75 tuổi. Nhiều vị nộp đơn từ trước để khi đúng 75 tuổi thì được về hưu ngay. Trường hợp vị Giám Mục bị bệnh tật hay sức khoẻ gặp vấn đề nghiêm trọng cũng được khuyên nộp đơn từ chức sớm. Đơn từ chức này trước hết sẽ đến tay vị Sứ thần hay Khâm sứ Toà Thánh. Đức Sứ thần sẽ chuyển đơn về Toà Thánh qua một trong các Thánh bộ, tuỳ theo quốc gia của vị Sứ thần do bộ nào chăm sóc. Cụ thể:
– nếu quốc gia thuộc xứ truyền giáo (như Lào, Thái Lan…) thì Đức Sứ thần chuyển đơn từ chức đến Thánh bộ Truyền giảng Tin Mừng cho các Dân tộc;
– quốc gia thuộc nghi lễ Đông Phương (như Ai Cập, Hy Lạp, Israen, Irắc…) thì đơn được chuyển đến Thánh bộ Các Giáo Hội Đông Phương;
– nếu trong một quốc gia mà việc bổ nhiệm Giám Mục có sự can thiệp của chính quyền (như Việt Nam…) thì đơn từ chức phải chuyển sang Phủ Quốc Vụ Khanh Toà Thánh;
– các trường hợp khác (như Hoa Kỳ…) thì chuyển đơn sang Thánh bộ Giám Mục.
Các ban bộ sẽ trình đơn từ chức trên lên Đức Giáo Hoàng để ngài quyết định. Đức Giáo Hoàng có thể bác bỏ đơn từ chức để vị Giám Mục tiếp tục nhiệm vụ, có thể trì hoãn quyết định, chấp nhận nhưng chờ ngày được công bố, hoặc chấp nhận ngay lập tức. Trong các trường hợp Giám Mục nghỉ hưu do tuổi tác, Đức Thánh Cha thường chấp thuận đơn từ chức nhưng chờ đến khi có người kế vị thì mới công bố, gọi là chấp thuận nunc pro tunc. Nếu Đức Giáo Hoàng chấp thuận đơn từ chức lập tức mà không bổ nhiệm người kế vị toà Giám Mục, thì giáo phận lập tức trống toà, y như trường hợp Giám Mục qua đời. Ngay khi giáo phận có nguy cơ trống toà hay đã trống toà, quy trình bổ nhiệm Giám Mục chính toà hay Giám Mục phó lập tức được khởi động. Quy trình này bắt đầu từ các Giám Mục địa phương.
Yếu tố quan trọng nhất trong việc bổ nhiệm Giám Mục là danh sách ứng viên. Các Giám Mục trong giáo tỉnh hoặc toàn thể Hội đồng Giám Mục sẽ họp nhau để lập ra danh sách các linh mục phù hợp cho chức Giám Mục (chưa tính đến chuyện phù hợp với giáo phận nào). Danh sách bao gồm cả linh mục triều lẫn linh mục thuộc các dòng tu. Giáo luật quy định các vị phải lập lại danh sách này 3 năm 1 lần, nên luôn luôn có sẵn ứng viên.
Khi có giáo phận cần Giám Mục, Đức Sứ thần Toà Thánh sẽ hỏi ý kiến vị Giám Mục sắp nghỉ hưu, hoặc trường hợp trống toà thì hỏi vị Tổng đại diện hay Giám quản giáo phận, để lập ra báo cáo tổng thể về tình hình giáo phận. Vị Sứ thần cũng cần hỏi ý Tổng Giám Mục trưởng giáo tỉnh và các Giám Mục khác trong giáo tỉnh đó, vị chủ tịch Hội đồng Giám Mục, các thành viên của hội đồng cố vấn giáo phận, và các kinh sĩ nhà thờ chính toà. Ngài cũng có thể hỏi ý kiến các linh mục, tu sĩ khác trong giáo phận, và cả các giáo dân khôn ngoan nữa.
Giáo luật yêu cầu những người được hỏi ý phải trình bày cách tín cẩn, cá nhân và bí mật. Vị Sứ thần sau đó sẽ lập một danh sách ba linh mục ứng viên, gọi là terna, và bắt đầu điều tra sâu xa và chính xác thông tin về các vị này. Sau đó ngài gửi báo cáo chi tiết của ngài về ba ứng viên này lên Toà Thánh Vatican.
Giáo luật điều 378 quy định ứng viên cần ít nhất là 35 tuổi, với 5 năm làm linh mục, nổi bật về đức tin mạnh mẽ, đạo đức, sùng đạo gương mẫu, nhiệt thành với các linh hồn, khôn ngoan, đáng tin tưởng và có nhân cách tốt. Ngoài ra, ứng viên cần có bằng tiến sĩ về Kinh Thánh, thần học hoặc giáo luật, hay ít ra là được đào tạo tốt về các môn này.
Các Thánh bộ của Giáo triều Rôma chịu trách nhiệm với địa phương (1 trong 4 cơ quan được đề cập ở trên) sẽ cứu xét cẩn thận thông tin do Đức Sứ thần gửi lên. Các Thánh bộ thậm chí có thể bác bỏ tất cả các ứng viên và yêu cầu vị Sứ thần lập một danh sách khác, hoặc có thể yêu cầu vị Sứ thần điều tra thêm thông tin về các ứng viên. Sau khi điều tra kỹ lưỡng và rõ ràng, Thánh bộ trình kết quả của mình lên Đức Giáo Hoàng để hỏi ý. Trong vài ngày, ĐTC sẽ đưa ra quyết định chung cuộc. Nếu ĐGH không đồng ý, ngài sẽ cho biết cần phải thay đổi điều gì. Còn nếu ĐGH đồng ý, Toà Thánh sẽ thông báo cho Đức Sứ thần để hỏi ý vị linh mục ứng viên xem vị đó có đồng ý không; nếu vị ứng viên đồng ý việc mình được bổ nhiệm thì đôi bên sẽ bàn thảo chọn ngày công bố bổ nhiệm. Trong vòng 3 tháng kể từ ngày công bố bổ nhiệm, vị tiến chức phải được truyền chức Giám Mục.
Thay vì tấn phong một tân Giám Mục thì các nhà hữu trách có thể xem xét thuyên chuyển một vị Giám Mục từ nơi khác đến. Mọi chuyện sẽ đơn giản hơn, vì không cần xét lại tư cách của ứng viên nữa, mà chỉ cần xét vị Giám Mục kia có đáp ứng được các yêu cầu của giáo phận hay không. Với trường hợp thuyên chuyển Giám Mục, việc cứu xét ở Toà Thánh chỉ do vị Tổng trưởng Thánh bộ và một số thành viên thực hiện, thay vì toàn thể Thánh bộ đều phải làm việc như khi bổ nhiệm một linh mục làm Giám Mục.
Quy trình bổ nhiệm Giám Mục phụ tá thì đơn giản hơn, vì danh sách linh mục ứng viên terna do Giám Mục chính toà đưa ra chứ không phải Sứ thần Toà Thánh, các vị khác chỉ góp ý thêm. Các giai đoạn khác cũng tương tự như trên.
Với các quốc gia mà việc bổ nhiệm Giám Mục cho phép nhà nước can thiệp, thì tuỳ nơi mà nhà nước sẽ được can thiệp ở bước nào và đến mức nào: tham gia chọn ứng viên từ bước lập danh sách terna, hay chỉ chấp thuận hoặc từ chối sau khi có kết quả của Toà Thánh.
Ở một số nơi tại Đức, Thuỵ Sĩ, Áo, danh sách ứng viên terna do kinh sĩ giáo phận đưa ra chứ không phải Sứ thần, sau đó được trình lên Toà Thánh. Một số nơi khác thì gửi lên Vatican một danh sách dài các ứng viên, sau đó Toà Thánh lọc lại còn 3 người và các kinh sĩ sẽ chọn 1 trong 3 để làm Giám Mục và báo lại Toà Thánh.
Để bổ nhiệm một Giám Mục chính toà, cho là quy trình thuận lợi nhất, thì cũng cần mất ít nhất 9 tháng để kết thúc. Nhiều khi gặp trục trặc thì mất đến vài năm. Còn với Giám Mục phụ tá thì chỉ cần 6 tháng cho vụ bổ nhiệm thuận lợi nhất.
Thật ra, như đã nói trên, Đức Giáo Hoàng có toàn quyền bổ nhiệm bất cứ ai ngài muốn làm Giám Mục mà không cần những vị khác cho ý kiến. Chẳng hạn như trường hợp của Đức Hồng Y Mario Aurelio Poli, được bổ nhiệm làm Tổng Giám Mục Buenos Aires, Argentina, kế vị Đức Hồng Y Jorge Mario Bergoglio. ĐHY Bergoglio được bầu làm Giáo Hoàng Phanxicô vào ngày 13/3/2013 (khi đó đã nộp đơn từ chức rồi), chỉ chưa đầy 1 tháng sau, ngày 28/3/2013, Đức tân Giáo Hoàng đã chỉ định Giám Mục Mario Poli làm TGM Buenos Aires, bỏ qua nhiều quy trình điều tra như kể trên.